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Voraussetzungen zur AstroGrid-D Globus-Standardinstallation (GACSI)

Hier wird beschrieben, welche Unix-Programme für eine erfolgreiche Installation vorhanden sein müssen, und welche Updates empfohlen sind. Getestet wurden diese Hinweise für Scientific Linux 4.3 (Redhat Enterprise Edition). Bei anderen Debian-Distributionen kann es geringe Abweichungen geben.

Erläuterung zur Tabelle:
Die erste Spalte enhält Links zu den allgemeinen Webseiten der Projekte. Die zweite Spalte markiert mit einem Kreuz die Programme, bei denen speziell für Scientific Linux 4.3 eine Installation oder Update nötig ist. Die Versionsnummern nennen Mindestanforderungen oder empfohlene Versionen. Die Links in der zweiten Spalte ("Versionsnummer") führen direkt zum Download der benötigten Datei (Abweichungen kann es bei prozessorabhängigen Distributionen geben, etwa 64-bit-Architektur, oder natürlich neueren Versionen). Unter "Verzeichnis" wird das reale Zielverzeichnis des Programms empfohlen sowie der Link, unter dem es in der GACSI erwartet wird (falls das Programm nicht sowieso im Pfad steht). Es folgt die Systemvariable, mit der das Verzeichnis bekannt gemacht wird, sowie der Programmaufruf, mit dem man die Versionsnummer testen kann, falls das Programm überhaupt installiert ist. Als letztes ist der Name der binary-distribution bzw. des Source-Codes gegeben.

Programm	SL: Upd?	Versionsnummer (oder höher)	Verzeichnis	Verlinkt als	Systemvariable	Check	Filename (versionsabhängig)
Java Development Kit	!	1.4.2 (besser: JDK5 = J2SE 1.5)	/opt/jsdk-xx/jdk	/usr/local/jdk/jsdk	$JAVA_HOME	java -version	jdk-1_5_0_08-linux-i586.bin (oder prozessorspezifisch)
Apache Tomcat	!	5.5	/opt/jsdk-xx/tomcat	/usr/local/jdk/tomcat/	$CATALINA_HOME	$CATALINA_HOME/bin/catalina.sh version	apache-tomcat-5.5.26.tar.gz
Apache Ant	!	1.6.5	/opt/jsdk-xx/ant	/usr/local/jdk/ant/	$ANT_HOME	ant -version	apache-ant-1.6.5-bin.tar.gz
PostgreSQL	(OK)	7.1	/usr/bin/	-	-	psql --version, /etc/init.d/postgresql status	postgresql-7.4.13.tar.gz
gcc, (gcc4)	OK	3.2.1, 2.95.x getestet (V3.2 nicht geeignet); 4.1	/usr/bin/	-	-	gcc4 --version	gcc-4.1.1.tar.bz2
zlib	!	1.2.3	/usr/lib/ (/usr/local/lib)	-	-	/sbin/ldconfig -v | grep libz ls /usr/lib | grep libz	zlib-1.2.3.tar.gz
GNU tar, sed, make, bzip2 etc.; sudo	OK		/usr/bin/	-	-	bzip2 --version (entsprechend für tar, sed, ...) sudo -V	-
Perl	OK	3?	/usr/bin/	-	-	perl --version

Das Leibniz-Rechenzentrum bietet ein Perl-Skript zur Überprüfung der Voraussetzungen an.
Falls das Programm in der Distribution fehlt oder die Version zu alt ist, muß dieses Problem vor der weiteren Installation von Globus behoben werden. Dazu wird das Programm heruntergeladen und installiert.

In jedem Fall sollten die in der Spalte "verlinkt als" angegeben Verzeichnisse angelegt werden, etwa mit

mkdir /usr/local/jdk

ln -s /opt/jdk /usr/local/jdk/jsdk

bzw. den entsprechenden Verzeichnissen für Tomcat und Ant.

Die Kommandos zum Entpacken lauten in Unix:

• .tar.gz: tar xfz <file>
• .tar.bz: tar xfj <file>
• .bz2: bunzip2 <file>
• .bin: sh -x <file> (Archiv mit integriertem Installationsskript)
  

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Überlegungen zum Filesystem

Ein alternatives Installationsverzeichnis für das Globus-Toolkit ist "/opt"; die Globus-Userverzeichnisse können alternativ in einer separaten Partition eingerichtet werden, womit auch der zur Verfügung stehende Speicherplatz vorgegeben wird. Zu beachten ist, dass der PostGres Dämon unter Umständen viel Platz für benötigt, so dass die Partition "/var" ausreichend gross angelegt werden muss (etwa 10 GB). Das Auslagern von Globus-Programmen auf Workstations tagsüber während der Hauptnutzung erfolgt in den "swap"-Bereich des Dateisystems. Daher ist ein umfangreicher swapspace von 2*RAM empfohlen (z. B. 4 GB swap bei 2 GB RAM).

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Java Development Kit

Die Unübersichtlichkeit der unterschiedlichen Versionen und Versionsnummern von Java ist erstaunlich. Für Globus wird nur ein Sun-Java-Compiler benötigt, der im "Java Development Kit (JDK)" enthalten ist, das einzeln verfügbar ist, z. B. als "JDK5.0 Update 8". Es gibt "Bundles" mit anderen Applikationen, die immer unterschiedliche Nummern und Bezeichnungen tragen.
Es ist sinnvoll, für die Installation eine eigene, aktuelle Version des SDK unabhängig von der bereits im Betriebssystem verfügbaren Version in ein separates Verzeichnis zu installieren und diese dann für das Compilieren des GTK zu verwenden.

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Apache Tomcat

(keine Hinweise)

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Apache Ant

(keine Hinweise)

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Installation von PostgreSQL

Falls die Datenbank compiliert werden muss, hilft das Configure-Setting der globus-helper (~globus/globus-helper/globus-install/pgsql.cfg)
Falls die Datenbankverwaltung nicht läuft, obwohl sie installiert ist (etwa Meldung "Postmaster is stopped"), wird sie möglicherweise nicht automatisch gestartet. In diesem Fall sind folgende Zeilen auszuführen:

/etc/init.d/postgresql start # startet die Datenbank prinzipiell?
chkconfig postgresql on # autostart in init levels 2-5

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gcc

Falls möglich sollte der gcc4 verwendet werden, der auch als Fortran-Compiler fungiert.

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Update der zlib (libz.so)

In Scientific Linux ist die zlib (libz.so) nur in Version 1.2.1.2 implementiert, die eine potentielle Sicherheitslücke aufweist. Für die zlib 1.2.3 gibt es verschiedene Source-Versionen. Der direkte Download erfolgt am besten über:
http://sourceforge.net/project/downloading.php?group_id=5624&filename=zlib-1.2.3.tar.gz&42807682
Das Programm wird dann installiert mit

mv /work1/zlib-1.2.3.tar.gz /work1/build/ tar xfz zlib-1.2.3.tar.gz cd ~/work1/build/zlib-1.2.3 ./configure --share make make install ldconfig -v |grep libz # installation testen libz.so.1 -> libz.so.1.2.3 libz.so.1 -> libz.so.1.2.1.2

Bei dieser Installationsvariante wird aus Kompatibilitätsgründen die alte Version auch beibehalten und kann parallel verwendet werden (z. B. von Acrobat Reader).